История авиакомпании началась в 1957 году с момента выполнения первого гражданского рейса с военного аэродрома в Новосибирской области, находящегося в составе Толмачёвского объединенного авиаотряда. На базе этого авиаотряда была образована авиакомпания «Сибирь». С 2005 года авиакомпания «Сибирь» выполняет полеты под брендом S7 Airlines.

В мае 2012 года исполнилось 20 лет со дня основания авиакомпании «Сибирь» как самостоятельной организации.

S7 Airlines является участником глобального авиационного альянса oneworld, мирового лидера по качеству обслуживания пассажиров. Авиакомпании oneworld базируются на всех континентах и выполняют полеты в 150 стран мира.

S7 Airlines, наряду с авиакомпанией «Глобус», международным туроператором С7 Тур, розничной сетью по продаже билетов и турпакетов С7 Билет, а также рядом других компаний, осуществляющих деятельность в сфере авиаперевозок, входит в Группу компаний S7.